En la causa, la ministra Cifuentes sometió a proceso a Andrés Magaña Bau, Juan Guillermo Quintanilla Jerez yJosé Vásquez, en calidad de autores del delito de homicidio calificado de Mario Enrique Muñoz Peñaloz, y modificó el auto de procesamiento dictado en contra de Nelson Bravo Espinoza, encausándolo como autor del delito de secuestro.
De acuerdo a los antecedentes recopilados en el proceso, se lograron establecer los siguientes hechos:
«Se encuentra justificado en autos que el día 10 de octubre de 1973, alrededor de las 18:00 horas, funcionarios de Carabineros llegaron hasta el domicilio de Mario Muñoz Peñaloza, ubicado en el sitio 93 del asentamiento «24 de Abril», lo detuvieron sin derecho y lo trasladaron hasta la Subcomisaría de Paine. Que, al día siguiente, Mario Muñoz Peñaloza fue visto en ese lugar por su madre Mercedes Peñaloza Escobar y su cónyuge Ana María Álvarez Balmaceda, las que constataron que se encontraba muy maltratado.
Que, al día subsiguiente, dichas mujeres concurrieron nuevamente hasta la subcomisaría donde se les informó que había sido trasladado hasta el Cerro Chena, lugar dependiente de la Escuela de Infantería de San Bernardo. Finalmente, el día 16 de octubre de 1973, personal de la Escuela de Infantería de San Bernardo, al mando de un Teniente, realizó un operativo que abarcó entre otros el asentamiento «24 de Abril», donde se detuvo a veintidós personas y algunos de los testigos presenciales de la detención vieron que junto a los soldados se encontraba Mario Muñoz Peñaloza.
Los veintidós detenidos, junto a Muñoz Peñaloza y un tercero, fueron trasladados hasta la quebrada El Arrayán, en las cercanías del Lago Rapel, donde fueron ejecutados, estableciéndose, posteriormente, tras la recuperación en dicho lugar de numerosos restos óseos, que la muestra de la vértebra torácica identificada con la nomenclatura TVT3E10 pertenece a Mario Enrique Muñoz Peñaloza, con una probabilidad de identificación del 99,99999%», afirma la resolución.